商业原料库（building-block stock）¶

做什么：管理"哪些分子买得到"的商业原料库。多步规划判断一条路线的叶子是否可购、可合成性评分 SynScore据此打分，都用它。你可以切换内置库、并入自己的库、或只用自己的库——同一个库会同时作用于规划和评分。

内置两个库（用时才下载）：

zinc（默认）——ZINC in-stock 集；
molport——MolPort 在库砌块。

Python¶

内置库就是普通的 stock 对象，用集合运算自由组合：

from synomega.stock import zinc, molport, InMemoryStock

mine = InMemoryStock.from_file("my_building_blocks.smi")   # 你自己的库（SMILES 文件）
# 或从预先算好的键文件秒加载： InMemoryStock.from_keys_file("mine.keys")

stock = zinc()               # 只用内置 zinc（默认）
stock = molport()            # 只用内置 molport
stock = zinc() | mine        # 补充：内置 ∪ 自有（并集）
stock = mine                 # 独立：只用自己的库
stock = zinc() | molport()   # 两个内置一起用
stock = zinc() & molport()   # 交集（两边都在库）
stock = zinc() - blacklist   # 差集（排除某些）

把组合好的库传给规划或评分，两处都用它：

import synomega
planner = synomega.load_default_planner(stock=zinc() | mine)
scorer  = synomega.load_default_scorer(stock=molport())

不传 stock= 就用默认的 zinc。同一个 stock 会同时流进多步规划和 SynScore。

声明式快捷方式¶

不想手写组合，可以用 resolve_stock：

from synomega.stock import resolve_stock

resolve_stock("molport")                                         # 只用内置 molport
resolve_stock("zinc", user_stock="mine.smi")                     # 补充（默认 supplement）
resolve_stock("zinc", user_stock="mine.smi", mode="standalone")  # 只用自己的库
resolve_stock("zinc", user_stock="mine.keys", user_is_keys=True) # 自有是预算好的键文件

mode="supplement"（默认）= 内置库 ∪ 自有库；
mode="standalone" = 只用自己的库。

命令行¶

# 切换内置库
synomega score --targets targets.smi --library molport --out scores.jsonl

# 补充：内置 zinc ∪ 你的库
synomega plan --target "CCO" --library zinc --stock mine.smi

# 独立：只用你的库
synomega plan --target "CCO" --stock mine.smi --stock-mode standalone

# 你的库是预算好的键文件
synomega score --targets targets.smi --stock mine.keys --stock-is-keys

--library {zinc,molport}：内置库，默认 zinc；
--stock <文件>：你自己的库（SMILES；键文件要配 --stock-is-keys）；
--stock-mode {supplement,standalone}：自有库与内置库的关系，默认 supplement（并集）。

自定义库与预算键文件¶

原始目录（SMILES）每次加载都要重算 InChIKey（千万级要几分钟）。算一次、存成键文件，以后秒加载：

synomega build-stock --catalogue my_catalogue.smi.gz --out my.keys.gz

之后 --stock my.keys.gz --stock-is-keys，或 Python 里 InMemoryStock.from_keys_file("my.keys.gz")。是否可购按 InChIKey 匹配，所以自己的库和内置库的键在同一口径下比较，跨工具生成的目录也能对上。

加一个新的内置库¶

在 synomega/data.py 的 BUILTIN_STOCKS 注册表里加一行（库名 → 托管的键文件名），把键文件上传到资产镜像即可。所有使用点（多步规划、SynScore、命令行）都通过同一处解析商业库，因此只改这一处，各处自动生效。